Blue Reflection: Second Light, Hoshizaki, Kokoro Utsubo ve Yuki Kinjou adlı üç öğrencinin maceralarını konu alıyor. Kendilerini gizemli bir akademide buluyor ve eve dönüş yolunu bulmak için ipuçlarını arıyorlar. Ancak üç kahraman yola çıktıklarında, bir dizi tehlikeli canavarla karşılaşıyor. Şeytani yaratıklarla mücadele eden kahramanlar, istedikleri yere ulaşabilecekler mi?