E3 kapsamında Nintendo yeni bir Metroid Prime oyununu duyurmuştu. Nintendo 3DS için duyurulan bu oyun maalesef serinin hayranlarının beklediği şekilde senaryoya değil, co-op multiplayera odaklanıyordu. Konuyla ilgili oyuncu tepkisi gelince yapımcılar da bir açıklama yaptı.
Metroid Prime serisinin yapımcısı Kensuke Tanabe yaptığı açıklamalarda Wii U'ya yeni bir Metroid Prime geliştirmediklerini, şimdi başlanılması halinde bunun en az üç yıl alacağını belirtti. Sylux ve Samus'un hikayesine odaklanan yeni bir Metroid oyunu geliştirmeyi istediğini söyleyen Tanabe, bunun anca Nintendo'nun yeni konsolu NX'te gerçekleşebileceğini ekledi.