Prey'de, 2032 yılında Ay'ın yörüngesinde dönmekte olan Talos I adlı uzay istasyonunda gözlerini açıyorsun. İnsanlığı kökten değiştirmek üzere tasarlanmış bir deneyde en önemli denek sensin ama bu deney tamamıyla kontrolden çıkmış. Uzay istasyonu düşman yaratıklarca istila edilmiş ve hepsi senin peşinde. Bir yandan Talos I'in ve kendi geçmişinin sırlarını açığa çıkarmaya çalışırken bir yandan da istasyonda bulabildiğin araçlar, kendi zekan, silahların ve zihin bükücü yeteneklerini kullanarak hayatta kalman gerekiyor.