Borderlands'ın hikayesi pek derinlik içermiyordu. Karizmatik karakterleri ve diyaloglarına rağmen genel anlamda hikaye oyuncu üzerinde beklenen etkiyi bırakamıyor ve bu yüzden biraz yavan kalıyordu. Ancak Gearbox, Borderlands 2'de hikayenin etkileyiciliğini arttıracak adımlar atacak.
Gamesradar'la bir röportaj gerçekleştiren tasarımcı Jeramy Cooke ve senairst Anthony Burch bu kez hikayede ne gibi değşiklikler olacağını şu sözlerle ifade ediyor:
"Borderlands 2'de hikaye çok ama çok önemli bir odak noktası. İlk oyunla ikinci oyun arasında ne kadar diyalog farkı olacağı konusunda henüz bir matematik hesaplaması dahi yapmadım ama şunu söyleyebilirim ki en az 6 kat belki de 10 kat fazla diyalog sahnesi olacak."
Oyunun hayranlarından gelen yorumlara kulak veren Gearbox, multiplayer modundan memnun kalan oyuncuların hikaye modundan yakındıklarını ve buna göre ikinci oyunda yer alacak görevlerin daha yoğun bir hikaye tabanına sahip olacağını belirtti. Hikayede tanıdık yüzlere yer veren yapımcılar pek çok yeni karakterin ancak hepsinden önemlisi Claptrap'ın dönüşünü müjdeliyor.