Ninja Gaiden serisinin ne kadar zor olduğunu oyunu oynayanlar çok iyi bilirler. Çoğu kişi bu yüzden hikayenin başında joy pad'leri bir kenara atmıştır. Yine de oyunun en çekici yönlerinden birisi de zor olmasıydı, fakat Team Ninja bu defa Ninja Gaiden 3'ü herkesin oynayabilmesini istiyor.
Ninja Gaiden 3'ün yönetmeni Fumihiko Yasuda'nın açıklamasına göre oyunda "Hero Mode" bulunacak. Bu modda düşmanın hamlelerinden otomatik kaçma ve sıradan vuruşları engelleme gibi özellikler olacak.
Oyuncu kitlesini genişletmek ve herkesin senaryonun tamamını görmesini isteyen Team Ninja doğru bir karar almış gibi görünüyor. Eğer serinin zorluğunu seviyorsanız diğer zorluk modlarını seçme imkanınız da bulunuyor.