Nintendo 3DS için özel olarak geliştirilen Rune Factory 4, serinin ana özelliklerini barındırsa da birçok yeni özelliği ile kendine has bir yolda ilerliyor. Erkek veya Kadın olarak seçim yapabileceğiniz oyunda, karşılaşacağınız olaylarda buna bağlı olarak ufak farklılıklar içeriyor.
Hafıza kaybı ile başladığımız oyunda yeni dostluklar ve ilişkiler kuruyoruz. Serbest bir harita sistemine sahip olan Rune Factory 4'te dövüş kısımları ise daha çok zindanlarda geçiyor. Anime tarzı ara sahnelere de sahip olan oyun, 3D grafikleriyle de öne çıkıyor.