The Last Remnant, 'Kalıntılar' olarak bilinen gizemli ve kadim yapıtlarla dolu bir dünyanın hikayesini anlatıyor. Kalıntıların kimin eseri olduğunu veya ne amaçla yapıldığını kimse bilmiyordu fakat bunların sahip olduğu şaşırtıcı gücü günlük hayatlarında kullanıyorlardı. Kalıntıların gücünün aşırı kullanılması sonucunda, yönetenler ve yönetilenler arasındaki uçurum açıldı. Dünya yıllar sürecek bir savaşa ve kaosa sürüklendi.